Kontakt

dr Anna Supernat
koordynator Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych
Gdański Uniwersytet Medyczny
ul. Dębinki 1
80-211 Gdańsk
tel. 58 349 14 38
centrum.obliczeniowe@gumed.edu.pl

W celu ustalenia terminu i trybu konsultacji prosimy o kontakt mailowy na adres Centrum.

ZESPÓŁ

Główna kadra

dr Anna Supernat – koordynator

Absolwentka Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Gdańskiego i Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego. Pracę doktorską zrealizowała w Zakładzie Biologii Komórki GUMed, pod kierunkiem prof. Anny Żaczek. Przedmiotem jej zainteresowań jest podłoże molekularne nowotworów, szczególnie w zakresie płynnych biopsji analizowanych za pomocą sekwencjonowania wysokoprzepustowego. Autorka 19 publikacji w recenzowanych czasopismach, uczestniczka licznych konferencji międzynarodowych, ekspert Narodowego Centrum Badań i Rozwoju (NCBR), kierownik grantów przyznawanych przez Narodowe Centrum Nauki (NCN) i NCBR.

dr Peter Grešner – biostatystyk-specjalista

Biofizyk, specjalista w zakresie fizyki biomedycznej oraz metod analizy statystycznej w badaniach biomedycznych. Absolwent Wydziału Matematyki, Fizyki i Informatyki Uniwersytetu Komeńskiego w Bratysławie (Słowacja). W latach 2006-2020 zawodowo związany z Zakładem Toksykologii i Kancerogenezy Instytutu Medycyny Pracy im. J. Nofera w Łodzi. Zainteresowania naukowe obejmują zagadnienia związane z biochemią, biologią molekularną, biostatystyką oraz bioinformatyką, głównie w kontekście procesów nowotworzenia wywołanego warunkami środowiskowymi. Autor lub współautor ponad 20 publikacji naukowych oraz licznych doniesień zjazdowych. Kierownik bądź współwykonawca kilkunastu projektów naukowych, w tym prestiżowych projektów finansowanych przez Unię Europejską, NATO Science Programme oraz Narodowe Centrum Nauki (NCN).

dr Kamil Myszczyński – bioinformatyk-specjalista

Absolwent Wydziału Biologii i Biotechnologii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie. Specjalizuje się w analizie danych biologicznych pozyskanych z metod wysokoprzepustowych. Interesuje się rozwijaniem i wdrażaniem bioinformatycznych protokołów analiz, kierunkami rozwoju technik sekwencjonowania oraz rolą poszczególnych frakcji kwasów nukleinowych w organizmie. Współwykonawca kilkunastu projektów, które swoją tematyką obejmowały genomikę oraz transkryptomikę m.in. człowieka, ssaków, roślin, bakterii oraz grzybów. Autor lub współautor ponad 20 publikacji naukowych.

mgr inż. Krzysztof Pastuszak – bioinformatyk-specjalista; specjalista ds. sztucznej inteligencji

Bioinformatyk, pasjonat płynnych biopsji w diagnostyce onkologicznej, szczególnie z wykorzystaniem sztucznej inteligencji. Ukończył z wyróżnieniem studia na kierunku Informatyka na Politechnice Gdańskiej. Doktorant i asystent w Zakładzie Algorytmów i Modelowania Systemów Politechniki Gdańskiej. Od 2019 roku współpracuje z Zakładem Onkologii Translacyjnej na Gdańskim Uniwersytecie Medycznym. Poza bioinformatyką interesuje się analizą algorytmów i zastosowaniami teorii grafów.

dr Sebastian Cygert – konsultant ds. sztucznej inteligencji

Absolwent kryptologii na Wojskowej Akademii Technicznej oraz Informatyki Stosowanej na Politechnice Warszawskiej. Tematem pracy magisterskiej była symulacja relatywistycznych zderzeń ciężkich jonów. Obecnie doktorant na Politechnice Gdańskiej, gdzie zajmuje się badaniem zdolności generalizacji modeli percepcji wizyjnej oraz metodami kompresji sieci neuronowych. Posiada szerokie doświadczenie w przemyśle (Samsung, Amazon, Moody’s Analitycs). Pracował w projekcie pojazdu autonomicznego Amazon Scout. Autor wielu publikacji z obliczeń równoległych oraz uczenia maszynowego (m. in. rozpoznawanie obrazu i mowy, detekcja narzędzi chirurgicznych, metody szacowania niepewności).

mgr Małgorzata Madej – specjalista ds. wsparcia administracyjnego projektów

Absolwentka Wydziału Biologii Uniwersytetu Gdańskiego. Pasjonatka różnych metodologii zarządzania projektami, ukończyła studia podyplomowe na Wydziale Organizacji i Zarządzania Politechniki Łódzkiej. Posiada wieloletnie doświadczenie w prowadzeniu dokumentacji projektowej i w pracy administracyjnej. Praca w instytucie badawczym i szeroki zakres wiedzy zaowocowały opracowaniem i wdrożeniem metodyki zarządza projektami oraz przeszkoleniem osób odpowiedzialnych za prowadzenie dokumentacji projektowej. W międzynarodowej korporacji opracowała we współpracy oraz wdrożyła trójstronną platformę zarządzania usługami w sieci punktów sprzedaży.

mgr Anna Koelmer – biostatystyk-specjalista

Absolwentka Matematyki na Politechnice Gdańskiej oraz Informatyki i Ekonometrii na Uniwersytecie Gdańskim. Zatrudnienie w Gdańskim Uniwersytecie Medycznym rozpoczęła od pracy w Bibliotece Głównej GUMed, gdzie zainteresowała się zagadnieniem otwartych danych w naukach medycznych. Członkini Zespołu ds. Otwartej Nauki w GUMed. Obecnie pracowniczka Centrum Wsparcia Badań Klinicznych. Poza analizą danych jej zainteresowania obejmują metodologię badań naukowych oraz informację naukową.

Młoda kadra objęta mentoringiem ze strony Centrum

inż. Maksym Jopek – bioinformatyk-stażysta

Analityk i inżynier oprogramowania. Absolwent kierunku Automatyki i Robotyka na Wydziale Elektrotechniki i Automatyki Politechniki Gdańskiej. Pasjonat nauczania maszynowego i analizy danych. Członek IAESTE Gdańsk i koła naukowego GRADIENT. Obecnie zatrudniony na stanowisku bioinformatyka-stażysty w Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych, gdzie uczestniczy w realizacji projektów związanych z wysokoprzepustowym sekwencjonowaniem płynnych biopsji pobranych od pacjentów onkologicznych.

Radosław Mazur – bioinformatyk-stażysta

Entuzjasta zastosowania uczenia maszynowego i analizy big data w naukach biologicznych. Stażysta w Centrum Obliczeniowym, gdzie bierze udział w badaniach naukowych związanych ze sztuczną inteligencją, płynnymi biopsjami i odpowiedzią na kierowane terapie onkologiczne. Student Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Gdańskiego i Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego.

inż. Michał Sieczczyński – student Politechniki Gdańskiej współpracujący z zespołem badawczym

Student informatyki na wydziale Elektroniki, Telekomunikacji i Informatyki. Obecnie stażysta ds. rozwoju oprogramowania. Entuzjasta sztucznej inteligencji i uczenia maszynowego, w szczególności uczenia głębokiego. Aktywny członek koła naukowego GRADIENT. W Centrum Obliczeniowym współpracuje przy projekcie związanym z analizą próbek płynnych biopsji.

inż. Antoni Rutkowski – absolwent Politechniki Gdańskiej współpracujący z zespołem badawczym

Z zawodu programista Python, w wolnych chwilach zajmujący się zagadnieniami związanymi ze sztuczną inteligencją, uczeniem maszynowym oraz ich wykorzystaniem w dziedzinach obejmujących diagnostykę onkologiczną i analizę danych. W projekcie ImPlatelet odpowiedzialny za szeroko pojęty preprocessing danych.

inż. Franciszek Górski – absolwent Politechniki Gdańskiej współpracujący z zespołem badawczym

Absolwent Informatyki na wydziale Elektroniki, Telekomunikacji i Informatyki, obecnie kontynuujący ten kierunek na studiach magisterskich. Pasjonat uczenia głębokiego i maszynowego, członek zarządu koła naukowego GRADIENT PG skupiającego wokół siebie studentów chcących rozwijać swe zainteresowania w dziedzinie uczenia głębokiego. Jego zainteresowania zawodowe dotyczą zastosowania uczenia maszynowego i głębokiego w medycynie, szczególnie w obrazowaniu medycznym. Doświadczenie zawodowe zdobywał, pracując przy projektach badawczo-rozwojowych jako programista, implementując modele uczenia maszynowego, w tym głębokiego. W Centrum Obliczeniowym współpracuje przy opracowaniu klasyfikatora chorób nowotworowych na danych pochodzących z płynnej biopsji.

inż. Piotr Juszczyk – absolwent Politechniki Gdańskiej współpracujący z zespołem badawczym

Absolwent Inżynierii Danych na wydziale Elektroniki, Telekomunikacji i Informatyki oraz student Informatyki na studiach drugiego stopnia. Z zawodu inżynier oprogramowania pracujący w licznych technologiach, m.in. C, C++ i Python. Entuzjasta uczenia maszynowego, analizy danych oraz dobrych praktyk programistycznych. Współpracuje z zespołem, pomagając w obróbce danych oraz opracowywaniu klasyfikatora chorób nowotworowych na podstawie danych z płynnej biopsji opartego o drzewa decyzyjne.

inż. Sebastian Lewalski – student Politechniki Gdańskiej współpracujący z zespołem badawczym

Absolwent Automatyki i Robotyki na wydziale Elektroniki, Telekomunikacji i Informatyki oraz student Informatyki na studiach magisterskich. Na co dzień zajmuje się rozwojem systemów wbudowanych, w tym rozwiązań IoT opartych o wykorzystanie uczenia maszynowego. Miłośnik metod sztucznej inteligencji oraz badań nad nowymi algorytmami systemów uczących się. Współpracuje z zespołem w zakresie projektu klasyfikatora opartego o wykorzystanie analizy próbek płynnych biopsji.