Kolekcja onkologiczna w MAB

27.01.2021

Tworzenie kolekcji prób od pacjentów onkologicznych w Międzynarodowej Agendzie Badawczej Laboratorium Medycyny 3P GUMed zostało zainicjowane w maju 2019 roku, po podpisaniu umów z pięcioma jednostkami szpitalnymi wyłonionymi w drodze postępowania przetargowego na usługę pobierania materiału biologicznego. Partnerami klinicznymi współpracującymi z MAB są:

• Uniwersyteckie Centrum Kliniczne w Gdańsku, gdzie materiał pobierany jest w Klinice Chirurgii Onkologicznej, Klinice Urologii oraz Klinice Chirurgii Ogólnej, Endokrynologicznej i Transplantacyjnej,
• Centrum Onkologii im. Franciszka Łukaszczyka w Bydgoszczy, w którym materiał pobierany jest w Oddziale Klinicznym Chirurgii Onkologicznej, Oddziale Klinicznym Nowotworów Piersi i Chirurgii Rekonstrukcyjnej oraz Oddziale Klinicznym Urologii Onkologicznej,
• Narodowy Instytut Onkologii im. Marii Skłodowskiej-Curie, Oddział w Krakowie, w którym współpracujemy z Kliniką Chirurgii Onkologicznej,
• Szpital Uniwersytecki w Krakowie, gdzie pacjenci rekrutowani są w Oddziale Klinicznym Chirurgii Ogólnej, Onkologicznej, Gastroentorologicznej i Transplantologii oraz Oddziale Klinicznym Urologii i Urologii Onkologicznej,
• Szpital Specjalistyczny w Kościerzynie, w którym materiał pobierany jest w Oddziale Chirurgii Ogólnej i Chirurgii Onkologicznej oraz Urologii i Urologii Onkologicznej.

We wszystkich współpracujących jednostkach szpitalnych wdrożyliśmy dla każdej diagnozy nowotworowej jednorodne procedury związane z kwalifikacją i rekrutacją pacjenta do programu MAB, pobieraniem i zabezpieczeniem materiału, rejestracją pobranego materiału w dedykowanym systemie IT, a także z wysyłką materiału biologicznego wraz z dokumentacją medyczną do jednostki MAB. Wszystkie procedury powstały w efekcie współpracy grupy biobankowej MAB z patomorfologami i chirurgami. Pierwszym etapem jest prowadzona przez chirurgów onkologów kwalifikacja i rekrutacja pacjenta do programu MAB, która następuje wyłącznie po wyrażeniu przez pacjenta świadomej zgody w formie pisemnej. Za pobieranie i zabezpieczenie materiału odpowiedzialni są specjaliści – lekarze oraz technicy patomorfologii, dlatego we wszystkich jednostkach partnerskich nawiązaliśmy ścisłą współpracę z Katedrami, Zakładami i Pracowniami Patomorfologii. Lokalizacja i sposób pobrania poszczególnych fragmentów tkanek są precyzyjnie opisane w procedurach pobrania dla poszczególnych diagnoz. Dodatkowo za pobranie i przygotowanie krwi obwodowej oraz osocza odpowiedzialny jest wyspecjalizowany personel medyczny: diagności laboratoryjni i pielęgniarki. Łącznie w proces pozyskiwania materiału biologicznego zaangażowanych jest ponad 70 pracowników zarówno personelu medycznego, a także administracji.

W chwili obecnej do kolekcji onkologicznej MAB rekrutowani są pacjenci z nowotworem piersi, pęcherza, trzustki, prostaty oraz jelita grubego i odbytnicy, a także przerzutami tego nowotworu do wątroby. Dla każdej diagnozy pobierany jest obligatoryjnie 1 lub 2 fragmenty tkanki pochodzącej z guza oraz od 2 do 10 fragmentów tkanki makroskopowo zdrowej zlokalizowanej w różnej odległości od guza. Wszystkie pobrane fragmenty posiadają odpowiadające im kontrole histopatologiczne, które są oceniane przez patomorfologa. Od każdego pacjenta jako materiał referencyjny pobierana jest krew pełna oraz osocze. Materiał biologiczny pobierany jest do specjalistycznych krioprobówek opatrzonych unikalnym kodem 2D i w ciągu dwóch godzin od pobrania z ciała pacjenta mrożony jest w temperaturze -80°C. Rejestracja danych podstawowych donora (bez danych osobowych) oraz prób od niego pobranych odbywa się w sposób zautomatyzowany w stworzonym do tego celu specjalistycznym systemie IT, który regularnie komunikuje się z serwerem MAB. Pozwala to na bieżąco monitorować proces zbierania i zabezpieczyć w/w dane. Stosowanie specjalistycznych probówek z kodami 2D oraz dedykowanego systemu skanowania prób w systemie MABData1 minimalizuje ryzyko pomylenia prób materiału biologicznego pomiędzy donorami oraz w obrębie tego samego donora. Dla wszystkich pacjentów zbierany jest podstawowy wywiad medyczny w postaci ankiety dotyczącej chorób przewlekłych, historii chorób nowotworowych w rodzinie i palenia wyrobów tytoniowych, podstawowe wyniki badania krwi, a w ciągu 2 do 4 tygodni od zabiegu, także wynik histopatologiczny. Docelowo planowane jest także uzupełnienie danych o długoterminowy medyczny follow-up, szczególnie w kontekście nawrotów choroby nowotworowej i wystąpienia innych nowotworów pierwotnych. W pierwszym kwartale 2021 roku planowane jest wdrożenie protokołów dla kolejnej diagnozy – nowotworu nerki, a w dalszej przyszłości dla nowotworu żołądka.

Wszystkie próby transportowane są kwartalnie ze szpitali do MAB przez firmę kurierską specjalizującą się w przewozie przesyłek w suchym lodzie, według procedury wysyłki prób. MAB posiada wewnętrzny dedykowany system IT (MABData 2) do pełnego zarządzania próbami i informacjami o donorach i próbach, zintegrowany z szpitalnymi systemami IT. Zamrażarki niskotemperaturowe MAB podłączone są do całodobowego monitoringu, posiadają zabezpieczenie CO2 na w wypadku awarii zasilania, a dodatkowo MAB dysponuje dodatkową pustą zamrażarką w systemie back-up.

Stan kolekcji onkologicznej MAB wg stanu z dnia 12 stycznia 2021 przedstawia się następująco:

W ramach istniejącej i ciągle powiększającej się kolekcji onkologicznej MAB może zaoferować współpracę naukowo-usługową polegającą na:

1. Udostępnieniu niewielkich fragmentów tkanek do izolacji RNA/DNA z zebranych dotychczas prób onkologicznych,
2. Udostępnianiu aliquotów wysokiej jakości DNA/RNA wyizolowanych z części zebranych dotychczas prób onkologicznych,
3. Izolacji wysokiej jakości DNA/RNA z zebranych prób tkankowych wg istniejących w MAB wystandaryzowanych procedur laboratoryjnych,
4. Szkoleniu osób zainteresowanych w zakresie podstawowych technik biologii molekularnej obejmujących izolację DNA/RNA z różnego rodzaju tkanek i linii komórkowych,
5. Przygotowaniu bibliotek NGS do sekwencjonowania egzomu, genomu lub transkryptomu z pozyskanych dotychczas prób onkologicznych,
6. Udostępnieniu dostępnych, pseudonimizowanych danych medycznych dla wybranych donorów onkologicznych.

fot. Paweł Sudara/GUMed