Zapraszamy na bezpłatne konsultacje i analizy z CABiB!
Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych (CABiB) oferuje naukowcom Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego bezpłatne wsparcie w zakresie biostatystyki, bioinformatyki oraz sztucznej inteligencji. Skorzystaj z konsultacji z naszymi ekspertami lub zamów specjalistyczną analizę – całkowicie bez opłat, w ramach limitu do 50 godzin pracy specjalisty.
Dlaczego warto?
- Profesjonalne doradztwo i wsparcie merytoryczne
- Indywidualne podejście do Twoich potrzeb badawczych
- Bezpłatne analizy dostosowane do Twojego projektu
- CABiB to miejsce, w którym nowoczesne technologie wspierają naukę – dołącz do nas i skorzystaj z naszego doświadczenia!
Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych – kim jesteśmy
Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych to nowe core facility powstałe w Gdańskim Uniwersytecie Medycznym. Misją Centrum jest ułatwienie prac zespołów badawczych poprzez podniesienie doskonałości naukowej publikowanych rezultatów. Kluczowym obszarem działania core facility jest wsparcie procesu badań naukowych i badań klinicznych w zakresie biostatystyki i bioinformatyki, szczególnie w kontekście Priorytetowych Obszarów Badawczych, realizowanych w ramach programu „Inicjatywa Doskonałości – Uczelnia Badawcza”. Centrum zatrudnia biostatystyków i bioinformatyków, których praca ma na celu wzmocnienie interdyscyplinarności w badaniach prowadzonych w GUMed.
Core facility oferuje szeroki zakres usług związanych z szeroko rozumianą analizą biostatystyczną i bioinformatyczną oraz analizą big data w ramach Kliniki Biostatystycznej oraz Kliniki Bioinformatycznej. Do profilu działalności zalicza się przede wszystkim wsparcie przy projektach bazujących na wysokoprzepustowym sekwencjonowaniu DNA oraz RNA (w tym analiza pojedynczych komórek), a także innych inicjatywach naukowych, które wymagają przetwarzania dużej ilości danych. Dodatkowo, działalność Centrum będzie obejmowała wykorzystanie sztucznej inteligencji w przetwarzaniu danych obrazowania i klasyfikacji próbek pochodzących od pacjentów. Umożliwia to zaawansowana infrastruktura komputerowa, stwarzająca przestrzeń dla prowadzenia przełomowych badań naukowych, opartych o wyrafinowane obliczenia.
W warstwie technicznej, wysokiej jakości analiza biostatystyczna i bioinformatyczna pozwala na ekstrakcję maksymalnej ilości obiektywnej informacji, co finalnie przekłada się na wysoką jakość pracy badawczej. W tym duchu Centrum w szczególny sposób kładzie nacisk na wysoką jakość procesów obliczeniowych, zwiększając w ten sposób przepustowość projektową GUMed.
Efektywne prowadzenie zaawansowanych badań naukowych umożliwia struktura ułatwiająca kompleksowe gromadzenie i przetwarzanie danych biostatystycznych, bioinformatycznych oraz obrazowania klinicznego. Taka struktura zapewnia zaawansowane narzędzia przetwarzania danych, które ułatwiają właściwe projektowanie projektów badawczych. Dzięki profesjonalnej analizie biostatystycznej i bioinformatycznej zaś umożliwia i znacznie przyśpiesza ich kompleksową realizację.
Zakres usług
Ogólny zarys świadczonych usług
Centrum Obliczeniowe jest jednostką naukową zapewniającą wszechstronne wsparcie pracowników naukowych w planowaniu, projektowaniu, zarządzaniu oraz raportowaniu projektów naukowych związanych z badaniami klinicznymi, epidemiologicznymi oraz laboratoryjnymi.
Uprzejmie informujemy, iż Gdański Uniwersytet Medyczny jest w posiadaniu nielimitowanej jednostanowiskowej licencji oprogramowania SPSS dla systemu operacyjnego Windows. Osoby zainteresowane uzyskaniem szczegółowych informacji zapraszamy do kontaktu z Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych.
Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych posiada również prawo do użytkowania programu GraphPad Prism i udostępnia go dla kadry naukowej i pracowników Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego. Oprogramowanie to nie tylko ułatwia przeprowadzanie zaawansowanych analiz, ale także pozwala na prezentację wyników w przejrzysty i profesjonalny sposób, co jest kluczowe przy publikowaniu wyników badań. W celu uzyskania instrukcji instalacji oraz klucza licencyjnego zapraszamy do kontaktu na nasz adres mailowy centrum.obliczeniowe@gumed.edu.pl. Liczba dostępnych licencji jest ograniczona.
Zespół Centrum Obliczeniowego przygotował również Poradnik tworzenia bazy danych do analizy biostatystycznej. Publikacja ma na celu ułatwienie naukowcom przygotowania bazy danych do profesjonalnej analizy oraz wskazuje badaczom, w jaki sposób zapisywać otrzymywane wyniki, by były one czytelne i zrozumiałe. Pełen tekst Poradnika dostępny jest w Extranecie.
Obszary współpracy:
– projekty grantowe: zaprojektowanie badania naukowego oraz zaplanowanie analiz biostatystycznych (analiza wielkości próby/mocy testów statystycznych, propozycja oraz opis metodologii statystycznej) i bioinformatycznych (dobór ilości próbek oraz wymaganej głębokości sekwencjonowania, opis metodologii),
– publikacje/abstrakty naukowe: opis metodologii, analiza postawionych pytań badawczych, opis oraz interpretacja wyników, przedstawienie wyników w formie graficznej i tabelarycznej (zgodnie z wymaganiami czasopisma naukowego),
– recenzje naukowe: ustosunkowanie się do pytań/sugestii recenzentów związanych z analizą statystyczną oraz bioinformatyczną,
– dane medyczne: zaprojektowanie oraz zarządzanie bazą danych, czyszczenie danych, utrzymywanie jakości danych,
– konsultacje biostatystyczne i bioinformatyczne: edukowanie w projektowaniu badań naukowych, udzielanie rad dotyczących zbierania i zarządzania danymi, wspieranie w doborze metod statystycznych, pomoc w interpretacji wyników oraz w procesie oceny jakości publikacji naukowych.
Szczegółowy opis świadczonych usług
Centrum świadczy szeroki zakres kompleksowych usług z zakresu zaawansowanej analizy biostatystycznej i bioinformatycznej. Usługi oferowane są przede wszystkim naukowcom prowadzącym badania kliniczne, epidemiologiczne, populacyjne, badania molekularne oraz translacyjne. Techniki obliczeniowe oferowane przez Centrum zebrano na liście udostępnionej poniżej.
Opis usług Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych (176 KB)Centrum oferuje bezpłatną pierwszą godzinę konsultacji w zakresie analiz biostatystycznych, analiz bioinformatycznych oraz wykorzystania sztucznej inteligencji do analizy danych eksperymentalnych. Na późniejszym etapie koszt usługi wyceniany jest indywidualnie.
Zespół Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych na co dzień rozwija i porządkuje rozwiązania usprawniające współpracę oraz realizację procesów, a także merytorycznie wspiera prowadzenie badań naukowych w GUMed. Dnia 12 grudnia 2025 r. pracownicy Centrum otrzymali od Rektora GUMed, prof. Michała Markuszewskiego zespołową nagrodę I stopnia za osiągnięcie pt. Optymalizacja procesów i integracja kompetencji w CABiB w roku 2024 jako model organizacyjnego wsparcia dla badań naukowych GUMed.
Nasze publikacje
1. Prognosis of patients with a history of organ transplantation during active COVID-19 infection
Piątek-Dalewska O, Kuziemski K, Grešner PM, Zielińska A, Stefaniak T, Gołębiewska M, Palus D. BMC Infect Dis. 2025 Dec 12;26(1):76. doi: 10.1186/s12879-025-12269-4. PMID: 41387787; PMCID: PMC12817738
2. 1,24,25(OH)3D3 is a fully active catabolite of vitamin D in keratinocytes
Domżalski P, Nowak JI, Olszewska AM, Myszczyński K, Tuckey RC, Piotrowska A, Żmijewski MA. Sci Rep. 2025 Dec 11;16(1):2136. doi: 10.1038/s41598-025-31780-x. PMID: 41372444; PMCID: PMC12808183
3. Nonresponse to Ketamine in Treatment-Resistant Bipolar Depression
Kachlik Z, Cubała WJ, Walaszek M, Pastuszak M, Pastuszak K, Kwaśny A. Neuropsychopharmacol Rep. 2025 Sep;45(3):e70038. doi: 10.1002/npr2.70038. PMID: 40879542; PMCID: PMC12277043
4. The Impact of miR-21-5p, miR-145-5p and miR-382-5p Expression in Gastric Adenocarcinoma Cells on Lymphatic Spread Capability
Ciesielski M, Lewandowska MA, Szajewski M, Pastuszak K, Kurek P, Zieliński J, Walczak J, Pęksa R, Kruszewski WJ. Biomedicines. 2025 Sep 29;13(10):2393. doi: 10.3390/biomedicines13102393. PMID: 41153678; PMCID: PMC12561494
5. Limited Prognostic Value of Psoas Muscle Indices in Patients Undergoing Revascularization for Chronic Limb-Threatening Ischemia.
Halman J, Dybcio J, Myszczyński K, Kimilu N, Blacha A, Owedyk G, Wojciechowski J, Siemiński M. Med Sci (Basel). 2025 Oct 12;13(4):227. doi: 10.3390/medsci13040227. PMID: 41133509; PMCID: PMC12550900
6. Association between serum fatty acids and microcirculation in kidney transplant recipients
Dąbrowska E, Czaja-Stolc S, Mika A, Śledziński T, Pastuszak K, Hellmann M, Wolf J, Narkiewcz K, Małgorzewicz S, Chmielewski M. Sci Rep. 2025 Oct 22;15(1):36976. doi: 10.1038/s41598-025-20903-z. PMID: 41125656; PMCID: PMC12546703
7. Assessment of noninferiority of oral vs subcutaneous semaglutide: a systematic review and meta-analysis.
Drygalski K, Pastuszak K, Modzelewska B. Pol Arch Intern Med. 2025 Dec 18;135(12):17141. doi: 10.20452/pamw.17141. Epub 2025 Oct 21. PMID: 41117588
8. Vitamin D Reshapes Genomic Hierarchies in Skin Cells: lncRNA-Driven Responses in Carcinoma Versus Transcription Factor-Based Regulation in Healthy Skin.
Olszewska AM, Nowak JI, Domżalski P, Myszczyński K, Żmijewski MA. Int J Mol Sci. 2025 Jul 10;26(14):6632. doi: 10.3390/ijms26146632. PMID: 40724881; PMCID: PMC12296165
9. Non-response to short-term ketamine use for treatment-resistant depression
Walaszek M, Cubała WJ, Kachlik Z, Pastuszak M, Pastuszak K, Kwaśny A. Pharmacol Rep. 2025 Aug;77(4):1126-1133. doi: 10.1007/s43440-025-00730-9. Epub 2025 Apr 30. PMID: 40305000; PMCID: PMC12241212
10. Assessment of Vitamin D Metabolism Disorders in Hemodialysis Patients
Hryciuk M, Heleniak Z, Małgorzewicz S, Kowalski K, Antosiewicz J, Koelmer A, Żmijewski M, Dębska-Ślizień A. Nutrients. 2025 Feb 22;17(5):774. doi: 10.3390/nu17050774. PMID: 40077644; PMCID: PMC11901569
11. Identifying differentiation markers between dermal fibroblasts and adipose-derived mesenchymal stromal cells (AD-MSCs) in human visceral and subcutaneous tissues using single-cell transcriptomics
Koczkowska M, Kostecka A, Zawrzykraj M, Myszczyński K, Skoniecka A, Deptuła M, Tymińska A, Czerwiec K, Jąkalski M, Zieliński J, Crossman DK, Crowley MR, Cichorek M, Skowron PM, Pikuła M, Piotrowski A. Stem Cell Res Ther. 2025 Feb 11;16(1):64. doi: 10.1186/s13287-025-04185-w. PMID: 39934849; PMCID: PMC11818286
12. Impact of clinical factors on accuracy of ovarian cancer detection via platelet RNA profiling
Jopek MA, Sieczczyński M, Pastuszak K, Łapińska-Szumczyk S, Jassem J, Żaczek AJ, Rondina MT, Supernat A. Blood Adv. 2025 Mar 11;9(5):979-989. doi: 10.1182/bloodadvances.2024014008. PMID: 39715465; PMCID: PMC11907454
13. Dermoscopy of External Ear Melanocytic Lesions: Performance of Selected Dermoscopic Screening Algorithms and Proposal of a New Predictive Model for Malignancy
Żółkiewicz J, Thomas L, Kamińska-Winciorek G, Pastuszak K, Kunc M, Maińska U, Sobjanek M, Sławińska M. Cancers (Basel). 2025 Feb 17;17(4):679. doi: 10.3390/cancers17040679. PMID: 40002273; PMCID: PMC11853154
14. Oral Squamous Cell Carcinoma and What We Lose During Formalin Fixation: An Evaluation of Changes in Macroscopic Resection Margins Utilizing Virtual Three-Dimensional Imaging Techniques with Analysis Based on 947 Measurements
Michcik A, Jopek M, Pęksa R, Choma P, Garbacewicz Ł, Polcyn A, Wojciechowska B, Wach T, Sikora M, Iacoviello P, Audino G, Drogoszewska B. Biomedicines. 2024 Dec 10;12(12):2805. doi: 10.3390/biomedicines12122805. PMID: 39767712; PMCID: PMC11673419
15. Virtual Tumor Mapping: A New Standard for Surgeon-Pathologist Collaboration in Treating Oral Squamous Cell Carcinoma
Michcik A, Jopek M, Pęksa R, Choma P, Garbacewicz Ł, Polcyn A, Wach T, Sikora M, Drogoszewska B. Cancers (Basel). 2024 Nov 7;16(22):3761. doi: 10.3390/cancers16223761. PMID: 39594716; PMCID: PMC11591874
16. Sleep alterations in treatment-resistant depression patients undergoing ketamine treatment
Kwaśny A, Cubała WJ, Włodarczyk A, Pastuszak K. Pharmacol Rep. 2024 Dec;76(6):1325-1332. doi: 10.1007/s43440-024-00641-1. Epub 2024 Aug 29. PMID: 39207673; PMCID: PMC11582297.
17. Elevated expression of complement factor I in lung cancer cells associates with shorter survival-Potentially via non-canonical mechanism
Felberg A, Bieńkowski M, Stokowy T, Myszczyński K, Polakiewicz Z, Kitowska K, Sądej R, Mohlin F, Kuźniewska A, Kowalska D, Stasiłojć G, Jongerius I, Spaapen R, Mesa-Guzman M, Montuenga LM, Blom AM, Pio R, Okrój M.. Transl Res. 2024 Jul;269:1-13. doi: 10.1016/j.trsl.2024.02.003. Epub 2024 Feb 22. PMID: 38395390
18. Early Effects of Modern Radiotherapy for Lung Cancer on Endothelial Damage and Myocardial Fibrosis: A Prospective Single-Center Study
Sławiński G, Hawryszko M, Lasocka-Koriat Z, Romanowska A, Myszczyński K, Wrona A, Ogłoza A, Daniłowicz-Szymanowicz L, Lewicka E. Int J Mol Sci. 2024 Jun 18;25(12):6705. doi: 10.3390/ijms25126705. PMID: 38928407; PMCID: PMC11204135
19. Emerin mislocalization during chromatin bridge resolution can drive prostate cancer cell invasiveness in a collagen-rich microenvironment
Popęda M, Kowalski K, Wenta T, Beznoussenko GV, Rychłowski M, Mironov A, Lavagnino Z, Barozzi S, Richert J, Bertolio R, Myszczyński K, Szade J, Bieńkowski M, Miszewski K, Matuszewski M, Żaczek AJ, Braga L, Del Sal G, Bednarz-Knoll N, Maiuri P, Nastały P. Exp Mol Med. 2024 Sep;56(9):2016-2032. doi: 10.1038/s12276-024-01308-w. Epub 2024 Sep 2. PMID: 39218980; PMCID: PMC11446916
20. Improving platelet-RNA-based diagnostics: a comparative analysis of machine learning models for cancer detection and multiclass classification
Jopek MA, Pastuszak K, Sieczczyński M, Cygert S, Żaczek AJ, Rondina MT, Supernat A. Mol Oncol. 2024 Nov;18(11):2743-2754. doi: 10.1002/1878-0261.13689. Epub 2024 Jun 17. PMID: 38887841; PMCID: PMC11547247
21. Effect of Radiotherapy on the Right Ventricular Function in Lung Cancer Patients
Sławiński G, Hawryszko M, Lasocka-Koriat Z, Romanowska A, Myszczyński K, Wrona A, Daniłowicz-Szymanowicz L, Lewicka E. Cancers (Basel). 2024 May 23;16(11):1979. doi: 10.3390/cancers16111979. PMID: 38893098; PMCID: PMC11171340
22. Dissection of an impact of VDR and RXRA on the genomic activity of 1,25(OH)2D3 in A431 squamous cell carcinoma
Olszewska AM, Nowak JI, Myszczynski K, Słominski A, Żmijewski MA. Mol Cell Endocrinol. 2024 Mar 1;582:112124. doi: 10.1016/j.mce.2023.112124. Epub 2023 Dec 19. PMID: 38123121; PMCID: PMC10872374
23. The Complex Network of Cytokines and Chemokines in Pediatric Patients with Long-Standing Type 1 Diabetes
Wołoszyn-Durkiewicz A, Iwaszkiewicz-Grześ D, Świętoń D, Kujawa MJ, Jankowska A, Durawa A, Glasner P, Trzonkowski P, Glasner L, Szurowska E, Myśliwiec M. Int J Mol Sci. 2024 Jan 26;25(3):1565. doi: 10.3390/ijms25031565. PMID: 38338843; PMCID: PMC10855710
24. Elevated expression of complement factor I in lung cancer cells associates with shorter survival- Potentially via non-canonical mechanism
Felberg A, Bieńkowski M, Stokowy T, Myszczyński K, Polakiewicz Z, Kitowska K, Sądej R, Mohlin F, Kuźniewska A, Kowalska D, Stasiłojć G, Jongerius I, Spaapen R, Mesa-Guzman M, Montuenga LM, Blom AM, Pio R, Okrój M. Transl Res. 2024 Jul;269:1-13. doi: 10.1016/j.trsl.2024.02.003. Epub 2024 Feb 22. PMID: 38395390
25. Immune escape of B-cell lymphoblastic leukemic cells through a lineage switch to acute myeloid leukemia
Bełdzińska-Gądek, K., Zarzycka, E., Pastuszak, K., Borman, K., Lewandowski, K., Zaucha, J. M., & Prejzner, W. Leukemia & Lymphoma, (2024), 1–11. doi.org/10.1080/10428194.2024.2351194. Epub ahead of print. PMID: 38775354
26. Detection of circulating tumor cells by means of machine learning using Smart-Seq2 sequencing
Pastuszak K, Sieczczyński M, Dzięgielewska M, Wolniak R, Drewnowska A, Korpal M, Zembrzuska L, Supernat A, Żaczek AJ. Sci Rep. 2024 May 14;14(1):11057. doi: 10.1038/s41598-024-61378-8. PMID: 38744942; PMCID: PMC11094170
27. Dissection of an impact of VDR and RXRA on the genomic activity of 1,25(OH)2D3 in A431 squamous cell carcinoma
Olszewska AM, Nowak JI, Myszczynski K, Słominski A, Żmijewski MA. Mol Cell Endocrinol. 2024 Mar 1;582:112124. doi: 10.1016/j.mce.2023.112124. Epub 2023 Dec 19. PMID: 38123121; PMCID: PMC10872374
28. Deep Learning-Based, Multiclass Approach to Cancer Classification on Liquid Biopsy Data
Jopek MA, Pastuszak K, Cygiert S, Best MG, Wurdinger T, Jassem J, Żaczek AJ, Supernat A. IEEE Journal of Translational Engineering in Health and Medicine, vol. 12, pp. 306-313, 2024, Jan; doi: 10.1109/JTEHM.2024.3360865.
29. PDIA3 modulates genomic response to 1,25-dihydroxyvitamin D3 in squamous cell carcinoma of the skin
Nowak JI, Olszewska AM, Piotrowska A, Myszczyński K, Domżalski P, Żmijewski MA. Steroids. 2023 Nov;199:109288. doi: 10.1016/j.steroids.2023.109288. Epub 2023 Aug 5. PMID: 37549780
30. Longitudinal drug synergy assessment using convolutional neural network image-decoding of glioblastoma single- spheroid cultures
Giczewska A, Pastuszak K, Houweling M, Abdul KU, Faaij N, Wedekind L, Noske D, Wurdinger T, Supernat A, Westerman BA. Neurooncol Adv. 2023 Nov 5;5(1):vdad134. doi: 10.1093/noajnl/vdad134. PMID: 38047207; PMCID: PMC10691443
31. Metabolomics Meets Clinics: A Multivariate Analysis of Plasma and Urine Metabolic Signatures in Pulmonary Arterial Hypertension
Wawrzyniak R, Grešner P, Lewicka E, Macioszek S, Furga A, Zieba B, J Markuszewski M, Da Browska-Kugacka A. J Proteome Res. 2023 Oct 12. doi: 10.1021/acs.jproteome.3c00255. Epub ahead of print. PMID: 37827514
32. Long-term mortality after transcatheter aortic valve implantation for aortic stenosis in immunosuppression-treated patients: a propensity-matched multicentre retrospective registry-based analysis
Walczewski M, Gąsecka A, Witkowski A, Dabrowski M, Huczek Z, Wilimski R, Ochała A, Parma R, Rymuza B, Grygier M, Jemielity M, Olasińska-Wiśniewska A, Jagielak D, Targoński R, Pastuszak K, Grešner P, Grabowski M, Kochman J. Postepy Kardiol Interwencyjnej. 2023 Sep;19(3):251-256. doi: 10.5114/aic.2023.131478. Epub 2023 Sep 27. PMID: 37854972; PMCID: PMC10580841
33. Platelet RNA enables accurate detection of ovarian cancer: an intercontinental, biomarker identification study
Gao Y, Liu CJ, Li HY, Xiong XM, Li GL, In ‘t Veld SGJG, Cai GY, Xie GY, Zeng SQ, Wu Y, Chi JH, Liu JH, Zhang Q, Jiao XF, Shi LL, Lu WR, Lv WG, Yang XS, Piek JMJ, de Kroon CD, Lok CAR, Supernat A, Łapińska-Szumczyk S, Łojkowska A, Żaczek AJ, Jassem J, Tannous BA, Sol N, Post E, Best MG, Kong BH, Xie X, Ma D, Wurdinger T, Guo AY, Gao QL. Protein Cell. 2023 Jun 7;14(6):579-590. doi: 10.1093/procel/pwac056. PMID: 36905391; PMCID: PMC10246718.
34. Screening of predicted synergistic multi-target therapies in glioblastoma identifies new treatment strategies
Houweling M, Giczewska A, Abdul K, Nieuwenhuis N, Küçükosmanoglu A, Pastuszak K, Buijsman RC, Wesseling P, Wedekind L, Noske D, Supernat A, Bailey D, Watts C,
Wurdinger T, Westerman BA. Neurooncol Adv. 2023 Jun 13;5(1):vdad073. doi: 10.1093/noajnl/vdad073. PMID: 37455945; PMCID: PMC10347974.
35. Tamoxifen decreases ovarian toxicity without compromising cancer treatment in a rat model of mammary cancer
Nynca A, Swigonska S, Ruszkowska M, Sadowska A, Orlowska K, Molcan T, Myszczynski K, Otrocka-Domagala I, Paździor-Czapula K, Kurowicka B, Petroff BK, Ciereszko RE. BMC Genomics. 2023 Jun 13;24(1):325. doi: 10.1186/s12864-023-09423-0. PMID: 37312040; PMCID: PMC10265842
36. Platelet-Based Liquid Biopsies through the Lens of Machine Learning
Cygert S, Pastuszak K, Górski F, Sieczczyński M, Juszczyk P, Rutkowski A, Lewalski S, Różański R, Jopek MA, Jassem J, Czyżewski A, Wurdinger T, Best MG, Żaczek AJ, Supernat A. Cancers (Basel). 2023 Apr 17;15(8):2336. doi: 10.3390/cancers15082336. PMID: 37190262; PMCID: PMC10136732
37. Plasma Proteomics Unveil Novel Immune Signatures and Biomarkers upon SARS-CoV-2 Infection
Urbiola-Salvador V, Lima de Souza S, Grešner P, Qureshi T, Chen Z. Int J Mol Sci. 2023 Mar 27;24(7):6276. doi: 10.3390/ijms24076276. PMID: 37047248; PMCID: PMC10093853
38. Efficacy of intralesional bleomycin in treatment resistant viral warts
Sławińska, Martyna, Jakub Żółkiewicz, Krzysztof Pastuszak, Klaudia Zawadzka, Monika Sikorska, Roman J Nowicki, and Michał Sobjanek. Dermatol Rev/Przegl Dermatol 2022, 109 (4): 272-290. doi:10.5114/dr.2022.123983
39. Super-Mitobarcoding in Plant Species Identification? It Can Work! The Case of Leafy Liverworts Belonging to the Genus Calypogeia
Ślipiko M, Myszczyński K, Buczkowska K, Bączkiewicz A, Sawicki J. Int J Mol Sci. 2022 Dec 8;23(24):15570. doi: 10.3390/ijms232415570. PMID: 36555212; PMCID: PMC9779425
40. Pathway-level mutation analysis in primary high-grade serous ovarian cancer and matched brain metastases
Duchnowska R, Supernat AM, Pęksa R, Łukasiewicz M, Stokowy T, Ronen R, Dutkowski J, Umińska M, Iżycka-Świeszewska E, Kowalczyk A, Och W, Rucińska M, Olszewski WP, Mandat T, Jarosz B, Bieńkowski M, Biernat W, Jassem J. Sci Rep. 2022 Nov 29;12(1):20537. doi: 10.1038/s41598-022-23788-4. PMID: 36446793; PMCID: PMC9708673.
41. Insights into adaptive evolution of plastomes in Stipa L.
Krawczyk K, Myszczyński K, Nobis M, Sawicki J. BMC Plant Biol. 2022 Nov 14;22(1):525. doi: 10.1186/s12870-022-03923-z. PMID: 36372890; PMCID: PMC9661759
42. Detection and localization of early- and late-stage cancers using platelet RNA
In ‘t Veld SGJG, Arkani M, Post E, Antunes-Ferreira M, D’Ambrosi S, Vessies DCL, Vermunt L, Vancura A, Muller M, Niemeijer AN, Tannous J, Meijer LL, Le Large TYS, Mantini G, Wondergem NE, Heinhuis KM, van Wilpe S, Smits AJ, Drees EEE, Roos E, Leurs CE, Tjon Kon Fat LA, van der Lelij EJ, Dwarshuis G, Kamphuis MJ, Visser LE, Harting R, Gregory A, Schweiger MW, Wedekind LE, Ramaker J, Zwaan
K, Verschueren H, Bahce I, de Langen AJ, Smit EF, van den Heuvel MM, Hartemink KJ, Kuijpers MJE, Oude Egbrink MGA, Griffioen AW, Rossel R, Hiltermann TJN, Lee- Lewandrowski E, Lewandrowski KB, De Witt Hamer PC, Kouwenhoven M, Reijneveld JC, Leenders WPJ, Hoeben A, Verdonck-de Leeuw IM, Leemans CR, Baatenburg de Jong RJ, Terhaard CHJ, Takes RP, Langendijk JA, de Jager SC, Kraaijeveld AO, Pasterkamp G, Smits M, Schalken JA, Łapińska-Szumczyk S, Łojkowska A, Żaczek AJ, Lokhorst H, van de Donk NWCJ, Nijhof I, Prins HJ, Zijlstra JM, Idema S, Baayen JC, Teunissen CE, Killestein J, Besselink MG, Brammen L, Bachleitner-Hofmann T, Mateen F, Plukker JTM, Heger M, de Mast Q, Lisman T, Pegtel DM, Bogaard HJ, Jassem J, Supernat A, Mehra N, Gerritsen W, de Kroon CD, Lok CAR, Piek JMJ, Steeghs N, van Houdt WJ, Brakenhoff RH, Sonke GS, Verheul HM, Giovannetti E,
Kazemier G, Sabrkhany S, Schuuring E, Sistermans EA, Wolthuis R, Meijers- Heijboer H, Dorsman J, Oudejans C, Ylstra B, Westerman BA, van den Broek D, Koppers-Lalic D, Wesseling P, Nilsson RJA, Vandertop WP, Noske DP, Tannous BA, Sol N, Best MG, Wurdinger T. Cancer Cell. 2022 Sep 12;40(9):999-1009.e6. doi: 10.1016/j.ccell.2022.08.006. Epub 2022 Sep 1. PMID: 36055228
43. Significance of Dermoscopy in Association with Clinical Features in Differentiation of Basal Cell Carcinoma and Benign Trichoblastic Tumours
Sławińska M, Płaszczyńska A, Lakomy J, Pastuszak K, Biernat W, Sikorska M, Nowicki RJ, Sobjanek M. Cancers (Basel). 2022 Aug 17;14(16):3964. doi: 10.3390/cancers14163964. PMID: 36010957; PMCID: PMC9406107
44. Breaking the limits – multichromosomal structure of an early eudicot Pulsatilla patens mitogenome reveals extensive RNA-editing, longest repeats and chloroplast derived regions among sequenced land plant mitogenomes
Szandar K, Krawczyk K, Myszczyński K, Ślipiko M, Sawicki J, Szczecińska M. BMC Plant Biol. 2022 Mar 9;22(1):109. doi: 10.1186/s12870-022-03492-1. PMID: 35264098; PMCID: PMC8905907
45. Breast cancer circulating tumor cells with mesenchymal features-an unreachable target?
Topa J, Grešner P, Żaczek AJ, Markiewicz A. Cell Mol Life Sci. 2022 Jan 20;79(2):81. doi: 10.1007/s00018-021-04064-6. PMID: 35048186; PMCID: PMC8770434
46. Diagnostic Accuracy of Liquid Biopsy in Endometrial Cancer
Łukasiewicz M, Pastuszak K, Łapińska-Szumczyk S, Różański R, Veld SGJGI’, Bieńkowski M, Stokowy T, Ratajska M, Best MG, Würdinger T, Żaczek AJ, Supernat A, Jassem J. Cancers (Basel). 2021 Nov 16;13(22):5731. doi: 10.3390/cancers13225731. PMID: 34830891;
PMCID: PMC8616122
47. imPlatelet classifier: image-converted RNA biomarker profiles enable blood-based cancer diagnostics
Pastuszak K, Supernat A, Best MG, In ‘t Veld SGJG, Łapińska-Szumczyk S, Łojkowska A, Różański R, Żaczek AJ, Jassem J, Würdinger T, Stokowy T. Mol Oncol. 2021 Oct;15(10):2688-2701. doi: 10.1002/1878-0261.13014. Epub 2021 Jun 20. PMID: 34013585; PMCID: PMC8486571
48. Modelling of dark fermentation of glucose and sour cabbage
Sołowski G, Pastuszak K. Heliyon. 2021 Jul 31;7(8):e07690. doi: 10.1016/j.heliyon.2021.e07690. PMID: 34401576; PMCID: PMC8350504
49. Transcriptomic landscape of blood platelets in healthy donors
Supernat A, Popęda M, Pastuszak K, Best MG, Grešner P, Veld SI’, Siek B, Bednarz-Knoll N, Rondina MT, Stokowy T, Wurdinger T, Jassem J, Żaczek AJ. Sci Rep. 2021 Aug 3;11(1):15679. doi: 10.1038/s41598-021-94003-z. PMID: 34344933; PMCID: PMC8333095
50. Bortezomib induces methylation changes in neuroblastoma cells that appear to play a significant role in resistance development to this compound
Łuczkowska K, Sokolowska KE, Taryma-Lesniak O, Pastuszak K, Supernat A, Bybjerg-Grauholm J, Hansen LL, Paczkowska E, Wojdacz TK, Machaliński B. Sci Rep. 2021 May 10;11(1):9846. doi: 10.1038/s41598-021-89128-0. PMID: 33972578; PMCID: PMC8110815
51. Environmental exposure to persistent organic pollutants measured in breast milk of lactating women from an urban area in central Poland
Grešner P, Zieliński M, Ligocka D, Polańska K, Wąsowicz W, Gromadzińska J. Environ Sci Pollut Res Int. 2021 Jan;28(4):4549-4557 doi: 10.1007/s11356-020-10767-3
Forum Wydarzeń Centrum Obliczeniowego
14.04.2021 r. – Dni Otwarte 2021 – wywiad z dr Anną Supernat w ramach projektu Nauka to ludzie
26.03.2021 r. – Prezentacja działań CABiB w kontekście Artificial intelligence and big data
09.02.2021 r. – II Warsztaty z programowania w języku R i analityki biomedycznej
16.12.2020 r. – Inspirujące rozmowy EIT Health GUMed – Out of the box – Innowacje medyczne
25.11.2020 r. – I Warsztaty programowania w języku R
Polecamy
fot. Paweł Sudara/GUMed
Kontakt
dr hab. Anna Supernat
koordynator Centrum Analiz Biostatystycznych i Bioinformatycznych
Gdański Uniwersytet Medyczny
ul. Dębinki 1
80-211 Gdańsk
tel. 58 349 90 46
centrum.obliczeniowe@gumed.edu.pl
ZESPÓŁ
Główna kadra
dr hab. Anna Supernat – koordynator
Absolwentka Międzyuczelnianego Wydziału Biotechnologii Uniwersytetu Gdańskiego i Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego. Pracę doktorską zrealizowała w Zakładzie Biologii Komórki GUMed, pod kierunkiem prof. Anny Żaczek. Przedmiotem jej zainteresowań jest podłoże molekularne nowotworów, szczególnie w zakresie płynnych biopsji analizowanych za pomocą sekwencjonowania wysokoprzepustowego. Autorka 19 publikacji w recenzowanych czasopismach, uczestniczka licznych konferencji międzynarodowych, ekspert Narodowego Centrum Badań i Rozwoju (NCBR), kierownik grantów przyznawanych przez Narodowe Centrum Nauki (NCN) i NCBR.
dr Kamil Myszczyński – starszy specjalista, bioinformatyk-specjalista
Absolwent Wydziału Biologii i Biotechnologii Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie. Specjalizuje się w analizie danych biologicznych pozyskanych z metod wysokoprzepustowych. Interesuje się rozwijaniem i wdrażaniem bioinformatycznych protokołów analiz, kierunkami rozwoju technik sekwencjonowania oraz rolą poszczególnych frakcji kwasów nukleinowych w organizmie. Współwykonawca kilkunastu projektów, które swoją tematyką obejmowały genomikę oraz transkryptomikę m.in. człowieka, ssaków, roślin, bakterii oraz grzybów. Autor lub współautor ponad 20 publikacji naukowych.
dr n. med. Krzysztof Pastuszak – bioinformatyk-specjalista; specjalista ds. sztucznej inteligencji
Bioinformatyk, pasjonat płynnych biopsji w diagnostyce onkologicznej, szczególnie z wykorzystaniem sztucznej inteligencji. Ukończył z wyróżnieniem studia na kierunku Informatyka na Politechnice Gdańskiej. Doktorant i asystent w Zakładzie Algorytmów i Modelowania Systemów Politechniki Gdańskiej. Od 2019 roku współpracuje z Zakładem Onkologii Translacyjnej na Gdańskim Uniwersytecie Medycznym. Poza bioinformatyką interesuje się analizą algorytmów i zastosowaniami teorii grafów.
mgr Małgorzata Madej – specjalista ds. wsparcia administracyjnego projektów
Absolwentka Wydziału Biologii Uniwersytetu Gdańskiego. Pasjonatka różnych metodologii zarządzania projektami, ukończyła studia podyplomowe na Wydziale Organizacji i Zarządzania Politechniki Łódzkiej. Posiada wieloletnie doświadczenie w prowadzeniu dokumentacji projektowej i w pracy administracyjnej. Praca w instytucie badawczym i szeroki zakres wiedzy zaowocowały opracowaniem i wdrożeniem metodyki zarządza projektami oraz przeszkoleniem osób odpowiedzialnych za prowadzenie dokumentacji projektowej. W międzynarodowej korporacji opracowała we współpracy oraz wdrożyła trójstronną platformę zarządzania usługami w sieci punktów sprzedaży.
mgr Anna Koelmer – biostatystyk-specjalista
Absolwentka Matematyki na Politechnice Gdańskiej oraz Informatyki i Ekonometrii na Uniwersytecie Gdańskim. Zatrudnienie w Gdańskim Uniwersytecie Medycznym rozpoczęła od pracy w Bibliotece Głównej GUMed, gdzie zainteresowała się zagadnieniem otwartych danych w naukach medycznych. Członkini Zespołu ds. Otwartej Nauki w GUMed. Poza analizą danych jej zainteresowania obejmują metodologię badań naukowych oraz informację naukową.
mgr Klaudia Mielczarek
Absolwentka Matematyki stosowanej na Politechnice Gdańskiej oraz Analizy danych – big data w Szkole Głównej Handlowej w Warszawie. Pracę magisterską poświęciła na zbadanie śmiertelności kobiet ze zdiagnozowanym nowotworem piersi. Zakres jej zainteresowań naukowych obejmuje wykorzystanie danych do rozwiązywania rzeczywistych problemów – od eksploracji, przez wizualizację, aż po modele predykcyjne.