Laboratorium Badań Metabolomicznych
Katedra Biofarmacji i Farmakodynamiki, Zakład Biofarmacji i Farmakokinetyki
Gdański Uniwersytet Medyczny
W ramach programu „Inicjatywa Doskonałości – Uczelnia Badawcza” w Gdańskim Uniwersytecie Medycznym działalność rozpoczyna nowe core facility – Laboratorium Badań Metabolomicznych. Jednostka powstała dzięki doświadczeniu pracowników Katedry Biofarmacji i Farmakodynamiki oraz Zakładu Biofarmacji i Farmakokinetyki, które zostały powołane w strukturze Wydziału Farmaceutycznego GUMed. Laboratorium oprócz zaawansowanych analiz biomedyczych i badań z zakresu farmakometabolomiki oferuje pracownikom, doktorantom GUMed oraz jednostkom zewnętrznym możliwość konsultacji w ramach prowadzonych projektów badawczo-rozwojowych.
W skład zespołu badawczego wchodzą doświadczeni naukowcy:
- dr hab. Danuta Siluk, prof. uczelni
- dr n. farm. Wiktoria Struck-Lewicka
- dr hab. Danuta Dudzik
- dr n. farm. Renata Wawrzyniak
- dr n. farm. Małgorzata Waszczuk-Jankowska
- dr n. chem. Kinga Westphal
- dr n. farm Joanna Raczak-Gutknecht
- dr inż. Paweł Wityk
- mgr farm. Szymon Macioszek
- mgr farm. Małgorzata Artymowicz
- mgr farm. Joanna Dawidowska
Nasz potencjał
1. Chromatograf gazowy sprzężony ze spektrometrem mas GCMS, model TQ 8030 (SHIMADZU)
2. Chromatograf cieczowy 1260 Infinity, sprzężony ze spektrometrem mas z analizatorem typu potrójnym kwadrupolem, model 6430 Triple Quad LC/MS, Agilent Technologies
3. Chromatograf cieczowy 1290 Infinity II, sprzężony ze spektrometrem mas z analizatorem typu QTOF, model 6546 LC-QTOF/MS, Agilent Technologies
fot. Paweł Sudara/GUMed
Zakres usług
Dzięki połączeniu dwóch zaawansowanych technik badawczych, chromatografii gazowej sprzężonej ze spektrometrią mas (GC-MS), w tym jonizacji strumieniem elektronów (electron impact) z zastosowaniem kwadrupolowego analizatora mas, a także chromatografii cieczowej sprzężonej ze spektrometrią mas (LC-MS), oraz (LC-QTOF-MS) laboratorium umożliwia przeprowadzenie zaawansowanych analiz biomedycznych, a w szczególności:
- niecelowanych analiz jakościowych techniką tzw. fingerprinting/footprinting w zróżnicowanym materiale biologicznym: płyny biologiczne np. osocze krwi, mocz; tkanki np. guzy nowotworowe; hodowle komórkowe, etc. co umożliwia kompleksowe badanie i porównanie profili metabolicznych osób chorych i zdrowych. Wykonanie analiz z jednej strony umożliwia przeprowadzenia badań poznawyczych nad patogenezą ale też stanowi idealne narzędzie wykorzystywane w celu poszukiwania potencjalnych biomarkerów oraz czynników predykcyjnych poszczególnych stanów chorobowych np. chorób cywilizacyjnych (cukrzyca, choroby układu krążenia, choroby nowotworowe etc.) jak też każdej innej jednostki chorobowej.
- badań z zakresu farmakometabolomiki
- analiz polegających na śledzeniu poszczególnych szlaków metabolicznych tzw. metabolic profiling
- analiz polegających na oznaczaniu produktów rozkładu ksenobiotyków
- analiz polegających na poszukiwaniu nowych produktów biotransformacji związków
- analiz polegających na identyfikacji zanieczyszczeń oraz pochodnych nowo syntezowanych związków
- analiz celowanych wyselekcjonowanych związków np. analizy kwasów tłuszczowych
- opracowywanie nowych metod opartych na technice LC-MS i GC-MS
- procesowanie danych LC-MS i GC-MS oraz identyfikacja związków chemicznych.
Cennik:
Pracownia będzie wykonywać analizy zgodnie z indywidualnymi zleceniami z dostosowaniem do konkretnych potrzeb kontrahentów. Koszt usługi wyceniany jest indywidualnie.
Publikacje, które powstały na bazie wyników badań uzyskanych dzięki wykorzystaniu posiadanej aparatury badawczej
1. The potential role of fatty acids in prostate cancer determined by GC-MS analysis of formalin-fixed paraffin-embedded tissue samples
MAGDALENA BUSZEWSKA-FORAJTA, JOANNA RACZAK-GUTKNECHT, MAŁGORZATA ARTYMOWICZ, WOJCIECH WESOŁOWSKI, KAMIL BUCZKOWSKI, EWA IŻYCKA-ŚWIESZEWSKA, MICHAŁ J MARKUSZEWSKI – J Pharm Biomed Anal 2021 Jan 19;196:113907.
2. GC-MS-based untargeted metabolomics of plasma and urine to evaluate metabolic changes in prostate cancer
WIKTORIA STRUCK-LEWICKA, RENATA WAWRZYNIAK, MAŁGORZATA ARTYMOWICZ, MARTA KORDALEWSKA, MARCIN MARKUSZEWSKI, MARCIN MATUSZEWSKI, PIOTR GUTKNECHT, JANUSZ SIEBERT, MICHAŁ JAN MARKUSZEWSKI. – J. Breath Res. 2020; vol. 14, nr 4, art. 047103, s. 1-13
3. Paraffin-embedded tissue as a novel matrix in metabolomics study: optimization of metabolite extraction method
MAGDALENA BUSZEWSKA-FORAJTA, MAŁGORZATA PATEJKO, SZYMON MACIOSZEK, DAWID SIGORSKI, EWA IŻYCKA-ŚWIESZEWSKA, MICHAŁ J. MARKUSZEWSKI. – Chromatographia 2019; vol. 82, nr 10, s. 1501-1513.
4. Metabolomic Heterogeneity of Urogenital Tract Cancers Analyzed by Complementary Chromatographic Techniques Coupled with Mass Spectrometry
ARLETTE YUMBA-MPANGA, WIKTORIA STRUCK-LEWICKA, RENATA WAWRZYNIAK, MARCIN MARKUSZEWSKI , MAREK ROSLAN, ROMAN KALISZAN , MICHAŁ JAN MARKUSZEWSKI Curr Med Chem 2019;26(1):216-231.
5. Targeted metabolomics in bladder cancer: from analytical methods development and validation towards application to clinical samples
Yumba Mpanga Arlette, SILUK DANUTA, JACYNA JULIA, Szerkus Oliwia, WAWRZYNIAK RENATA, MARKUSZEWSKI MARCIN, MATUSZEWSKI MARCIN, KALISZAN ROMAN, MARKUSZEWSKI MICHAŁ JAN., Anal. Chim. Acta 2018 : vol. 1037, s. 188-199, 33.
6. Urine metabolic fingerprinting using LC-MS and GC-MS reveals metabolite changes in prostate cancer: A pilot study
WIKTORIA STRUCK-LEWICKA, MARTA KORDALEWSKA, RENATA BUJAK, ARLETTE YUMBA MPANGA, MARCIN MARKUSZEWSKI, JULIA JACYNA, MARCIN MATUSZEWSKI, ROMAN KALISZAN, MICHAŁ J MARKUSZEWSKI – J Pharm Biomed Anal 2015;111:351-61.
KONTAKT
dr n. farm. Małgorzata Waszczuk-Jankowska
Zakład Farmakodynamiki
Gdański Uniwersytet Medyczny
tel.: 58 349 1493
malgorzata.waszczuk-jankowska@gumed.edu.pl