Środowiskowa Pracownia Obrazowania Patologii Struktury i Czynności Komórki
Katedra i Zakład Fizjopatologii
Zakład Patologii i Reumatologii Doświadczalnej
Wydział Lekarski
O NAS
W ramach programu „Inicjatywa Doskonałości – Uczelnia Badawcza” swoją działalność rozszerza Środowiskowa Pracownia Obrazowania Patologii Struktury i Czynności Komórki, która powstała w 2012 roku, dzięki doświadczeniu pracowników Katedry i Zakładu Fizjopatologii oraz Zakładu Patologii i Reumatologii Doświadczalnej. Pracownia współpracuje z wieloma jednostkami, zarówno badawczymi jak i klinicznymi z Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego oraz z jednostkami Uniwersytetu Gdańskiego i Politechniki Gdańskiej. Naukowcy Pracowni, oprócz wykonywania zaawansowanych analiz komórkowych oraz badania molekularnych mechanizmów udziału limfocytów i innych komórek w rozwoju i przebiegu chorób autoimmunologicznych, oferują również badania dotyczące starzenia się ludzi i rozwoju chorób powiązanych z podeszłym wiekiem.
NASZ POTENCJAŁ
Pracownia Reumatologii Doświadczalnej i Immunopatologii (Pracownia Cytometrii Przepływowej i Obrazowania Komórek)
1. Cytometr przepływowy FACSVerse™, Becton Dickinson
2. Cytometr przepływowy-sorter FACSAria III™, Becton Dickinson
3. Mikroskop fluorescencyjny odwrócony, Nikon Eclipse Ti
Pracownia Hodowli Tkanek
1. Komory laminarne klasy Biosafety, Esco
2. Inkubator z regulacją CO2 i O2, Binder CB 150
3. Inkubatory z regulacją CO2, Lab-line oraz ThermoScientific
4. Mikroskop odwrócony, Nikon TS100F
Pracownia Biogerontologii i Patologii Komórkowej (Pracownia Biologii Molekularnej)
1. Termocykler Mastercykler Personal, Eppendorf
2. Termocykler T Professional, Biometra
3. Spektrofotometr UV/VIS, BioTek Epoch
4. Termocykler PikoReal™ Real-Time PCR System, Thermo Scientific
5. Urządzenie do ogniskowania izoelektrycznego Protean i12 IEF Cell, BioRad
6. Urządzenie do przeprowadzania SDS-PAGE Mini-PROTEAN® Tetra Cell, BioRad
7. Urządzenie do przeprowadzania elektroforezy agarozowej, Kucharczyk
ZAKRES USŁUG
Pracownia Cytometrii Przepływowej i Obrazowania Komórek
– Ocena fenotypów
- Barwienie powierzchniowe fenotypów np. markerów zewnątrzkomórkowych, antygenów wewnątrzkomórkowych, techniką wieloparametrowej cytomerii przepływowej. Możliwe jest wybarwianie limfocytów i monocytów wyizolowanych z krwi, narządów limfatycznych (grasicy, węzłów chłonnych) oraz komórek hodowanych o różnym pochodzeniu, w tym linii komórkowych
– Testy czynnościowe limfocytów i linii komórkowych
- Barwienie powierzchniowe fenotypów np. markerów zewnątrzkomórkowych, antygenów wewnątrzkomórkowych, techniką wieloparametrowej cytomerii przepływowej. Możliwe jest wybarwianie limfocytów i monocytów wyizolowanych z krwi, narządów limfatycznych (grasicy, węzłów chłonnych) oraz komórek hodowanych o różnym pochodzeniu, w tym linii komórkowych
- Wyznaczenie zdolności do proliferacji za pomocą metody własnej lub ilościowej metody cytometrycznej (Dividing Cell Tracking™) określając długość cyklu, liczbę generacji oraz pozostałe dynamiczne parametry proliferacji w komórkach o znanym fenotypie. Możliwa jest ocena cyklu komórkowego poprzez oznaczenie ilości DNA. Metody nie wymagają separowania populacji czy też użycia radioizotopów
- Oznaczenie podatności komórek na apoptozę i nekrozę poprzez pomiar potencjału mitochondrialnego, ocenę powierzchniowej ekspresji fosfatydyloseryny oraz penetrację barwników do DNA
- Prowadzenie badań cytotoksyczności komórek oraz określenie aktywności kaspaz wewnątrzkomórkowych w żywych komórkach
- Półilościowa ocena fosforylacji wybranych białek sygnalizacyjnych techniką Phos-FLOW
- Półilościowa ocena sygnału wapniowego
- Półilościowa ocena wewnątrzkomórkowej aktywności proteaz z grupy kalpain
- Półilościowa ocena wewnątrzkomórkowej produkcji cytokin
– Testy czynnościowe monocytów, granulocytów, makrofagów
- Wykonanie pomiaru zdolności do fagocytozy oraz wybuchu tlenowego
- Półilościowa ocena wewnątrzkomórkowej produkcji cytokin
– Sortowanie czystych fenotypowo populacji komórek m.in. limfocytów
– Badania dotyczące wydzielanych cytokin oraz innych białek biologicznie czynnych w płynach ustrojowych
- Badanie przeprowadzane jest metodą CBA (ilościowej cytometrii przepływowej) umożliwiającą jednoczesny pomiar do 7 czynników w 50 ul materiału (metoda bardziej ekonomiczna niż test ELISA, do którego wykonania potrzebna jest większa ilość materiału) lub metodą FlexSet umożliwiającą dodatkowo konstruowanie szerokich paneli pomiarów cytokin i innych czynników biologicznych w ramach dostępnych zestawów komercyjnych
Pracownia Hodowli Tkanek
– Hodowle komórkowe in vitro w sterylnych warunkach pracy
- Możliwość prowadzenia hodowli krótko- oraz długotrwałych w celu badania wpływu wybranych czynników na proliferację czy apoptozę komórek
Pracownia Biologii Molekularnej
– Analiza ekspresji genów za pomocą reakcji PCR w czasie rzeczywistym
– Rozdział elektroforetyczny białek/kwasów nukleinowych
– Wykrywanie białek techniką Western Blotting
ZESPÓŁ BADAWCZY
W skład zespołu badawczego wchodzą:
- prof. dr hab. Jacek M. Witkowski
- prof. dr hab. Ewa Bryl
- dr Jacek Brożek
- dr Agnieszka Daca
- dr hab. Katarzyna Lisowska
- dr Katarzyna Ruckemann-Dziurdzińska
- dr Monika Soroczyńska-Cybula
- dr hab. Anna Wardowska
- mgr Klaudia Ciesielska-Figlon
- mgr Natalia Frankowska – koordynator d.s. kontaktu z osobami zainteresowanymi współpracą/skorzystaniem z usług pracowni
- lek. Paulina Łopatniuk
- mgr Agnieszka Odachowska – sekretariat
oraz doktoranci:
- lek. Marcin Kutek
- mgr Mateusz Maziewski
- lek. Paweł Mikłaszewicz
- mgr inż. Małgorzata Pindel
- lek. Adam Plotka
- lek. Jakub Ruszkowski
- lek. Łukasz Szałach
PUBLIKACJE
Na podstawie wyników badań uzyskanych dzięki wykorzystaniu wiedzy, doświadczenia naukowców z Katedry i Zakładu oraz posiadanej aparaturze powstało wiele publikacji, w tym między innymi:
1. The methodological quality and clinical applicability of meta-analyses on probiotics in 2020: a cross-sectional study
RUSZKOWSKI JAKUB, Majkutewicz Katarzyna, RYBKA EWELINA, KUTEK MARCIN, DĘBSKA-ŚLIZIEŃ ALICJA, WITKOWSKI JACEK MACIEJ. – Biomed. Pharmacother. – 2021 : vol. 142, art. ID 112044, s. 1-10, bibliogr. 49 poz., streszcz. ang.
2. The influence of biologics on the microbiome in immune-mediated inflammatory diseases: a systematic review
RUSZKOWSKI JAKUB, DACA AGNIESZKA, SZEWCZYK ADRIAN, DĘBSKA-ŚLIZIEŃ ALICJA, WITKOWSKI JACEK M.. – Biomed. Pharmacother. – 2021 : vol. 141, art. ID 111904, s. 1-19, bibliogr. 35 poz., streszcz. ang.
Gut microbiota in depression : a focus on ketamine – WILKOWSKA ALINA, SZAŁACH ŁUKASZ PIOTR, CUBAŁA WIESŁAW JERZY. – Front. Behav. Neurosci. – 2021 : vol. 15, art. ID 693362, s. 1-12, bibliogr. poz., streszcz. ang.
3. Nigella sativa oil inhibits proliferation and stimulates apoptosis of human lymphocytes in vitro
CIESIELSKA-FIGLON KLAUDIA, LISOWSKA KATARZYNA A., Mikosik-Roczynska Anna, WITKOWSKI JACEK M.. – Hum. Immunol. – 2021 : vol. 82, nr 8, s. 608-614, bibliogr. 16 poz., streszcz. ang.
4. Effect of choline chloride based natural deep eutectic solvents on aqueous solubility and thermodynamic properties of acetaminophen
Warmińska Dorota, Nowosielski Bartosz, SZEWCZYK ADRIAN, RUSZKOWSKI JAKUB, PROKOPOWICZ MAGDALENA. – J. Mol. Liq. – 2021 : vol. 323, art. 114834, s. 1-15, bibliogr. 59 poz., streszcz. ang.
5. Targeting impaired antimicrobial immunity in the brain for the treatment of Alzheimer’s disease
Fulop Tamas, Tripathi Shreyansh, Rodrigues Serafim, Desroches Mathieu, Bunt Ton, Eiser Arnold, Bernier Francois, Beauregard Pascale B, Barron Annelise E, Khalil Abdelouahed, PLOTKA ADAM, Hirokawa Katsuiku, Larbi Anis, Bocti Christian, Laurent Benoit, Frost Eric H, WITKOWSKI JACEK M.. – Neuropsychiatr. Dis. Treat. – 2021 : vol. 17, s. 1311-1339, bibliogr. 381 poz., streszcz. ang.
6. Associations between symptoms of constipation and sleep quality in patients with nondialysis chronic kidney disease: a cross sectional study
RUSZKOWSKI JAKUB, HELENIAK ZBIGNIEW, KRÓL EWA, TARASEWICZ AGNIESZKA, WITKOWSKI JACEK M., DĘBSKA-ŚLIZIEŃ ALICJA. – Pol. Arch. Med. Wewn. – 2021 : vol. 131, nr 6, s.512-519, bibliogr. 42 poz., streszcz. ang.
CENNIK
Pracownia będzie wykonywać analizy zgodnie z indywidualnymi zleceniami z dostosowaniem do konkretnych potrzeb kontrahentów. Koszt usługi wyceniany jest indywidualnie dla klientów zewnętrznych.
KONTAKT
mgr Natalia Frankowska
Katedra i Zakład Fizjopatologii
Gdański Uniwersytet Medyczny
ul. Dębinki 7
80-211 Gdańsk
Numer telefonu 58 349 15 10
Mail natalia.frankowska@gumed.edu.pl
fot. Paweł Sudara/GUMed