Laboratorium Biologii Molekularnej

Zakład Biologii i Botaniki Farmaceutycznej

Wydział Farmaceutyczny

O NAS

Działalność badawcza jednostki skupia się na wykorzystaniu technik biologii molekularnej ze szczególnym uwzględnieniem badań transkryptomicznych. Prowadzimy analizy ekspresji genów zaangażowanych w szlak odpowiedzi na białka nieprawidłowo zwinięte (UPR). Dodatkowo powyższa metodą określamy również zmiany poziomów miRNA o udokumentowanej roli regulacyjnej przebiegu UPR. Badania podstawowe, będące celem naszej działalności naukowej, pozwalają poszerzać wiedzę odnośnie mechanizmu UPR, którego zaburzenia przyczyniają się do rozwoju licznych chorób tj. cukrzycy, schorzeń neurodegeneracyjnych czy nowotworów. Wnikliwe zrozumienie odpowiedzi na stres umożliwia dalsze poszukiwanie aspektów aplikacyjnych, co w przyszłości może zaowocować opracowaniem nowych strategii terapeutycznych.

Prowadzimy hodowle komórkowe wykorzystując do eksperymentów zarówno linie pierwotne, jak i nowotworowe. Stan hodowli regularnie monitorujemy pod kątem kontaminacji Mycoplasma sp. Z zebranego do dalszych analiz materiału izolujemy RNA oraz frakcję miRNA. Przeprowadzamy badania zarówno na poziomie RNA, jak również białka (metodą Western blot). Izolujemy frakcje jądrowe i cytozolowe o wysokim stopniu czystości dzięki zastosowaniu Paris Kit.

Wykazujemy się dużym doświadczeniem w transfekcji komórek z wykorzystaniem lipofektaminy. Używamy siRNA, analogów miRNA i ich inhibitorów, cząsteczek target protector. Uzyskujemy satysfakcjonujące wyciszenie i nadekspresję przy jednoczesnym niewielkim wpływie cytotoksycznym.

DOSTĘPNE URZĄDZENIA I APARATURA

Dysponujemy aparaturą niezbędną do analiz przeżywalności komórek w czasie rzeczywistym (Real-Time Cell Analysis). Uzyskane wyniki walidujemy badając aktywność głównych kaspaz wykonawczych (Caspase Glo 3/7 Assay). Dzięki możliwości zastosowania metod luminometrycznych prowadzimy także badania wykorzystujące geny reporterowe (Dual Luciferase Reporter Assay).

PUBLIKACJE

Publikacje, które powstały dzięki zastosowaniu opisywanych metod badawczych:

1. Gebert M, Bartoszewska S, Janaszak-Jasiecka A, Moszyńska A, Cabaj A, Króliczewski J, Madanecki P, Ochocka RJ, Crossman DK, Collawn JF, Bartoszewski R. PIWI proteins contribute to apoptosis during the UPR in human airway epithelial cells. Sci Rep. 2018 Nov 6;8(1):16431. doi: 10.1038/s41598-018-34861-2. PMID: 30401887; PMCID: PMC6219583

2. Bartoszewski R, Gebert M, Janaszak-Jasiecka A, Cabaj A, Króliczewski J, Bartoszewska S, Sobolewska A, Crossman DK, Ochocka R, Kamysz W, Kalinowski L, Dąbrowski M, Collawn JF. Genome-wide mRNA profiling identifies RCAN1 and GADD45A as regulators of the transitional switch from survival to apoptosis during ER stress. FEBS J. 2020 Jul;287(14):2923-2947. doi: 10.1111/febs.15195. Epub 2020 Jan 10. PMID: 31880863

3. Gebert M, Sobolewska A, Bartoszewska S, Cabaj A, Crossman DK, Króliczewski J, Madanecki P, Dąbrowski M, Collawn JF, Bartoszewski R. Genome-wide mRNA profiling identifies X-box-binding protein 1 (XBP1) as an IRE1 and PUMA repressor. Cell Mol Life Sci. 2021 Nov;78(21-22):7061-7080. doi: 10.1007/s00018-021-03952-1. Epub 2021 Oct 12. PMID: 34636989; PMCID: PMC8558229

4. Bartoszewska S, Cabaj A, Dąbrowski M, Collawn JF, Bartoszewski R. miR-34c-5p modulates X-box-binding protein 1 (XBP1) expression during the adaptive phase of the unfolded protein response. FASEB J. 2019 Oct;33(10):11541-11554. doi: 10.1096/fj.201900600RR. Epub 2019 Jul 17. PMID: 31314593; PMCID: PMC6766644

CENNIK

Koszt usług podlega wycenie indywidualnej.

KONTAKT

mgr farm. Magdalena Gebert
magdalena.gebert@gumed.edu.pl

Laboratorium Biologii Molekularnej
przy Katedrze i Zakładzie Biologii i Botaniki Farmaceutycznej
Wydział Farmaceutyczny
Gdański Uniwersytet Medyczny
al. Gen. J. Hallera 107
80-416 Gdańsk

tel. 58 349 13 99

fot. archiwum prywatne